Los sistemas de contención o encerramiento completo evitan la liberación del contaminante al medio ambiente. El encerramiento completo en ocasiones es difícil de alcanzar si se necesita el acceso y además habrá que tener cuidado cuando se realicen tareas de mantenimiento o limpieza de los mismos. Un ejemplo de encerramiento completo serían las cabinas de guantes, donde la manipulación se hace a través de unos guantes colocados en una cabina de cristal.
Se pueden emplear también sistemas semi-cerrados o semi-abiertos donde se reducen las aperturas para minimizar la salida del contaminante o se puede combinar con sistemas de extracción localizada en dichas aberturas para controlar la salida del contaminante por las mismas.
